• Sunday February 17,2019

Bayes & Out-of-Africa vs. Alan Templeton

Alan Templeton, dessen Text "Population Genetics and Microevolutionary Theory" in meinem Buch direkt unter Hartl & Clark liegt, veröffentlichte kürzlich eine stark formulierte Arbeit, "Kohärente und inkohärente Folgerung in Phylogeographie und menschliche Evolution". Die Möglichkeit statistischer Fehler in veröffentlichten Arbeiten ist nicht schockierend. Ich habe gehört, dass, wenn Statistiker gebeten werden, Papiere in medizinischen Genetik-Zeitschriften zu sortieren, grundlegende Fehler in ~ 3/4 derjenigen vorkommen, die es außerhalb des Peer-Review geschafft haben. Davon abgesehen, scheint Templeton eine stärkere Argumentation zu sein als die bloße Widerlegung grundlegender Fehler. Insbesondere schlägt er vor, dass die ABC-Methode, die den Kern der von mir in der vergangenen Woche besprochenen Arbeit darstellt, an der Wurzel inkohärent ist. Hier ist Templetons Zusammenfassung:

Eine Hypothese ist in eine allgemeinere Hypothese eingebettet, wenn es sich um einen Spezialfall der allgemeineren Hypothese handelt. Zusammengesetzte Hypothesen bestehen aus mehr als einer Komponente, und in vielen Fällen können verschiedene zusammengesetzte Hypothesen einige, aber nicht alle diese Komponenten gemeinsam haben und überlappen sich daher. In der Statistik sind kohärente Übereinstimmungsmaße verschachtelter und überlappender zusammengesetzter Hypothesen technisch solche, die den Einschränkungen der formalen Logik entsprechen. Zum Beispiel muss die Wahrscheinlichkeit des verschachtelten Sonderfalls kleiner oder gleich der Wahrscheinlichkeit des allgemeinen Modells sein, in dem der Sonderfall verschachtelt ist. Jede Statistik, die dem Sonderfall eine höhere Wahrscheinlichkeit zuweist, gilt als inkohärent. Ein Beispiel für Inkohärenz zeigt die menschliche Evolution, für die die Methode der Bayes-Berechnungsmethode (ABC) einem tausendfach größeren Modell der menschlichen Evolution eine Wahrscheinlichkeit zugeordnet hat, als das allgemeinere Modell, in dem das erste Modell vollständig verschachtelt war. Mögliche Ursachen für diese Inkohärenz werden identifiziert, und Korrekturen und Einschränkungen werden vorgeschlagen, um ABC und ähnliche Methoden kohärent zu machen. Eine andere auf Koaleszenz basierende Methode, die phylogeographische Analyse von verschachtelten Kladen, ist kohärent und ermöglicht auch das Testen einzelner Komponenten zusammengesetzter Hypothesen, ein weiteres Attribut, das in ABC und anderen Koaleszenz-Simulationsansätzen fehlt. Inkohärenz ist eine höchst unerwünschte Eigenschaft, weil dies bedeutet, dass die Inferenz mathematisch unkorrekt und formal unlogisch ist und die veröffentlichten inkohärenten Folgerungen auf die menschliche Evolution, die die Ersatzhypothese außerhalb Afrikas begünstigen, keine statistische oder logische Gültigkeit haben.

Die Methode, die Templeton bevorzugt, ist natürlich eine Methode, die er in der Vergangenheit vorangetrieben hat. Auf jeden Fall kenne ich die statistischen Details nicht gut genug, um mit viel Wissen Stellung zu nehmen, aber ich sehe, dass ein Statistiker bereits auf Templeton reagiert hat, daher würde ich empfehlen, dies zu überprüfen. Ich suchte sofort nach Antworten, weil die Zeitung eine wirklich starke und abweisende Sprache verwendet, und ich bin etwas misstrauisch, wenn ich versuche, die Grundlagen eines ganzen Forschungsfeldes niederzureißen (ich möchte betonen, dass ich insgesamt Templeton genieße. 's Arbeit, aber die Zeitung erinnerte mich ein bisschen zu sehr an Jerry Fodor). Insbesondere sein Zitat von Popper scheint ein Appell an die Autorität zu sein, der die Nichtstatistiker im Publikum überzeugen soll, und ich sehe den Sinn nicht neben dem rhetorischen Nutzen. Ich neige dazu, Templetons Kritik an Modellen, die vor der Auswanderung von Afrika einen sehr geringen Genfluss zwischen Homininpopulationen voraussetzen, zu akzeptieren, obwohl meiner Meinung nach Afrika anscheinend wenig Rückenmigration nach Süden hatte der Sahara in den letzten 50.000 Jahren, vielleicht ist dies auch eine ältere Dynamik. Ich bin vorsichtig optimistisch, dass die DNA-Extraktion aus Fossilien selbst einige dieser Argumente über den Tanz der Parameter hinwegstellen kann, obwohl Interpretation natürlich immer ein Thema außerhalb der reinen Mathematik ist.

Für das, was es wert ist, folgt hier das Modell, das die Methode von Templeton bevorzugt:

Die dünnen Linien stellen einen kontinuierlichen Genfluss zwischen den Populationen dar, und die dicken Linien sind extrem starke demographische und genetische Impulse, die den Status der genetischen Struktur periodisch überwältigen. Ich habe etwas ähnliches als operativ im kleineren Maßstab von H. sapiens sapiens angedeutet.

Zitieren: Kohärente und inkohärente Folgerung in Phylogeographie und menschlicher Evolution, PNAS 2010 107 (14) 6376-6381; doi: 10.1073 / pnas.0910647107


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